Українська система селекції

[koste]

45 минут назад, rudakov сказал:

Бібрід коштує грошей, і крім того окремим маткарям доступ туди закритий. 

Это почему закрытый ?

[Dmutruk]

3 години тому, Kumpel (Ігор Довгуник) сказав:

Так просто зіскочити Вам вже не вдасться

перечитав всі інструкції до програм, зрозумів що для нас достатньо взяти алгоритм роботи BLUP 

[Женя К]

23 минуты назад, Dmutruk сказал:

перечитав всі інструкції до програм, зрозумів що для нас достатньо взяти алгоритм роботи BLUP 

Полностью поддерживаю , зачем что то придумывать - уже есть всё готовое и в рабочем состоянии!

[Віталій Овчарук]

5 годин тому, Александр К. сказав:

6 годин тому, Виталий Овчарук сказав:

В селекции смысл. 

Чем больше материала тем сложнее анализировать его и планировать работу, вот программы могут помочь в этом. 

 

6 годин тому, davolodya сказав:

Всі ці дії чудово виконує бібрід, хоча і не для всіх порід, беріть і користуйтеся, навіщо видумувати ровер? 

 

??

Вы что-то хотите от меня услышать?
Да безусловно www.beebreed.eu отличный ресурс, и если будет возможность мне интересно вести селекцию при помощи него. Но ненужно этот ресурс воспринимать как панацею, при желании в  масштабах своей пасеки можно делать селекцию не хуже чем там, просто там можно быстрее анализировать данные с ульевых карт, соответственно делать больше кроссов. Брат Адам сделал работу посложнее во время когда интернета и програм даже в мечтах не было, и добыть информацию в разы сложнее.
 
Если  получится сделать что-то подобное будет отлично, тем более что сейчас мои матки внесены bj.tochok.info, и новые с этого сезона тоже все туда буду добавлены. 

[Александр К.]

1 час назад, Виталий Овчарук сказал:

Вы что-то хотите от меня услышать?
Да безусловно www.beebreed.eu отличный ресурс, и если будет возможность мне интересно вести селекцию при помощи него. Но ненужно этот ресурс воспринимать как панацею, при желании в  масштабах своей пасеки можно делать селекцию не хуже чем там, просто там можно быстрее анализировать данные с ульевых карт, соответственно делать больше кроссов. Брат Адам сделал работу посложнее во время когда интернета и програм даже в мечтах не было, и добыть информацию в разы сложнее.
 
Если  получится сделать что-то подобное будет отлично, тем более что сейчас мои матки внесены bj.tochok.info, и новые с этого сезона тоже все туда буду добавлены. 

Нет у меня как у любого обычного пчеловода не особо развито понимание про высшие материи селекции. Просто я не пойму зачем людям регистрироваться на чем-то новом если есть старое и там уже никто (почти) с Украины не зарегистрировался... Возможно я действительно что-то недопонимаю... А цитату я вам подкинул как стандартную реакцию пользователя на затею... В начале темы писал чтоб добиться результата сначала надо объяснить зачем это надо...

 Да кстати все выше мной изложенное только дискуссия а не попытка кого-то обидеть. С уважением...

[rudakov]

48 минут назад, Александр К. сказал:

Нет у меня как у любого обычного пчеловода не особо развито понимание про высшие материи селекции. Просто я не пойму зачем людям регистрироваться на чем-то новом если есть старое и там уже никто (почти) с Украины не зарегистрировался... Возможно я действительно что-то недопонимаю... А цитату я вам подкинул как стандартную реакцию пользователя на затею... В начале темы писал чтоб добиться результата сначала надо объяснить зачем это надо...

 Да кстати все выше мной изложенное только дискуссия а не попытка кого-то обидеть. С уважением...

Тому що просто взяти і виконати реєстрацію не можливо. Потрібно бути учасником організації яка в свою чергу заключила відповідний договір (не безкоштовно) з інститутом, і оператор який буде вносити інформацію з вуликових карт. Тому більшості випадків український селікціонер не зможу використовувати бібрід для роботи, таких породи як УС там взагалі немає.

[Мішаня Ukrainian Beekeeper]

16 хвилин тому, rudakov сказав:

 таких породи як УС там взагалі немає.

тому з'явилася думка щоб на основі діючого зробити своє для свої порід і не тільки )

[Mihail-ves]

19 хвилин тому, rudakov сказав:

таких породи як УС там взагалі немає

Про УС забудьте, селекціонерів більше ніж ... Дальше я мовчу.

Тема цікава, але я в ній дуже слабо плаваю. Тому тільки читаю.

[Мішаня Ukrainian Beekeeper]

https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.1nh544n 

http://nce.ads.uga.edu/software/

@Стрельчук Олег Анатольович потрібна допомога залу

[rudakov]

1 час назад, MIM (Мішаня Майгутяк) сказал:

тому з'явилася думка щоб на основі діючого зробити своє для свої порід і не тільки )

Думка правильна, деякі функції вже реалізовано, залишається прогнозування і зручний формат для введення вуликової карти, ну і чекати років 5-7

[Kumpel (Ігор Довгуник)]

1 година тому, MIM (Мішаня Майгутяк) сказав:

http://nce.ads.uga.edu/software/

А чого під Linux? Під Windows нема?

[Віталій Овчарук]

15 хвилин тому, Kumpel (Ігор Довгуник) сказав:

А чого під Linux? Під Windows нема?

http://nce.ads.uga.edu/html/projects/programs/

 

[Мішаня Ukrainian Beekeeper]

 

 

35 хвилин тому, rudakov сказав:

Думка правильна, деякі функції вже реалізовано, залишається прогнозування і зручний формат для введення вуликової карти, ну і чекати років 5-7

валикові карти, тестування і т.д, без цього ніяк в сучасній селекція, якщо хочемо добитися результатів 

[Kumpel (Ігор Довгуник)]

7 годин тому, Dmutruk сказав:

перечитав всі інструкції до програм, зрозумів що для нас достатньо взяти алгоритм роботи BLUP 

Тобто потрібен готовий екзешник, чи початковий код програми? Якщо екзешник, то який саме, бо там їх багато різних?

Сирцевий код старішої версії я качнув, але він на фортрані. Вам часом в школі фортран не викладали ?

[Dmutruk]

57 хвилин тому, Kumpel (Ігор Довгуник) сказав:

Вам часом в школі фортран не викладали

я читав інструкцію, там потрібно скачати компілятор інтел для віндовс

http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=faq.windows

тут можна скачати компілятор 

а це інструкція для роботи

http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=documentation

сьогодні перекладав, потрохи вникаю

[Sanich]

11 година тому, Kumpel (Ігор Довгуник) сказав:

Сирцевий код старішої версії я качнув, але він на фортрані. Вам часом в школі фортран не викладали ?

На фортрані зараз взагалі спеців не густо. Простіше заново переписати...

[Sanich]

Якщо ми говоримо про українську систему селекції, то для  початку маємо визначитися. а. Що у нас є вхідними даними для аналізу. (конкретно, без загальних фраз). б. що ми хочемо отримати на виході від такої системи (мається на увазі які дані та у якому вигляді). Без розуміння цих двох речей буде важко просунутися. 

[Sanich]

19 годин тому, Dmutruk сказав:

перечитав всі інструкції до програм, зрозумів що для нас достатньо взяти алгоритм роботи BLUP 

Хто б ще розтлумачив той алгоритм.

[rudakov]

43 минуты назад, Sanich сказал:

На фортрані зараз взагалі спеців не густо. Простіше заново переписати...

Можливо там не просто так на Фортані написано 

[Wladimir_K]

12 часов назад, Kumpel (Ігор Довгуник) сказал:

Тобто потрібен готовий екзешник, чи початковий код програми? Якщо екзешник, то який саме, бо там їх багато різних?

Сирцевий код старішої версії я качнув, але він на фортрані. Вам часом в школі фортран не викладали ?

У нас код, що моделює обладнання написаний на фортрані і нова модель знову на цій мові. У мові даній немає нічого страшного, непогано підходить для математичного моделювання фізичних процесі де є матричні обчислення і робота з комплексними числами.

[Kumpel (Ігор Довгуник)]

8 хвилин тому, Wladimir_K сказав:

У нас код, що моделює обладнання написаний на фортрані і нова модель знову на цій мові. У мові даній немає нічого страшного, непогано підходить для математичного моделювання фізичних процесі де є матричні обчислення і робота з комплексними числами.

Та це був жарт . Колись давно я писав досить складну курсову роботу саме на фортрані. Але це було дуже давно .

[Dmutruk]

28 хвилин тому, Sanich сказав:

Хто б ще розтлумачив той алгоритм.

ось тут є які програми з пакету нам потрібно використовувати для конкретних ситуацій, з цим нам потрібно визначитись

http://nce.ads.uga.edu/wiki/doku.php?id=program_sequence

[Dmutruk]

Коли визначимось, то пакет програми треба переробити під особливості бджоли, як це описано в роботі Бінефельда.

10.pdf

[Мішаня Ukrainian Beekeeper]

Давайте визначимося які програми нам потрібні з цього списку: @Sanich @Dmutruk  @Kumpel (Ігор Довгуник) @Wladimir_K і всі хто в цьому розуміється

 

Послідовність програм у пакеті BLUPF90

 

Типові послідовності

 

Для запуску BLUP використовуйте невеликий або середній набір даних

renumf90 blupf90

Для оцінки дисперсійних компонентів за допомогою AIREML

renumf90 airemlf90

Для оцінки дисперсійних компонентів за допомогою пробовідбірника Гіббса

renumf90 gibbs2f90 postgibbsf90

Для масштабної генетичної оцінки

renumf90 blup90iod accf90

Для сюжетів на Манхеттені

renumf90 blupf90 postGSf90

Для виведення матриць на основі геномних та родоводу

renumf90 preGSf90

Для одноетапної або GBLUP геномної оцінки

renumf90 preGSf90 blupf90

Для широкомасштабної одномоментної або GBLUP геномної оцінки

renumf90 preGSf90 blup90iod

Чи потрібен renumf90 завжди?

Усі вищезазначені аналізи дозволяють уникнути використання renumf90, якщо вхідні дані перенумеровані послідовно з 1, як це зазвичай відбувається з даними моделювання.

Використання RENUMF90 зазвичай гарантує узгодженість даних, родоводу, параметрів та геномних файлів для пізніших програм. Ця програма: - повторно чисельні ефекти послідовно, - обрізає родовід і здійснює деякий контроль якості, - з геномною опцією, впорядковує геномні ідентифікатори, - пише файл параметрів (renf90), дані, родовід і, можливо, геномні файли.

Після renumf90 файл параметрів (renf90), можливо, доведеться редагувати для моделей, які безпосередньо не підтримуються renumf90.

Геномні аналізи

При геномних аналізах не потрібно змінювати послідовність, оскільки програма геномного препроцесора під назвою preGSf90 запускається автоматично прикладними програмами. PreGSf90 потрібно запускати явно для тестування, коли виникає потреба у виведенні деяких файлів і коли прикладним програмам потрібно читати файли, створені preGSF90, а не відтворювати їх щоразу при запуску програм.

 

[Віталій Овчарук]

7 годин тому, Sanich сказав:

Що у нас є вхідними даними для аналізу.

Ульевая карта
родословная

7 годин тому, Sanich сказав:

що ми хочемо отримати на виході від такої системи

1) удобный поиск, можно выбрать отдельно, к примеру найти всех маток которые есть в UA за 2019г, или всех маток какого-то селекционера
-порода пчел

- коды стран
- область
- селекционер
- № селекционной книги :
- год рождения
- матка жива или нет

2) Возможность работать с линиями и микролиниями (у микролинии будет 1 матка родоначальница)

сравнивать результаты внутри микролинии, 

сравнить несколько микролиний между собой

сравнивать результаты по породе в целом. 
К примеру в следующем году планирую от нескольких маток вывести 3 генерации с оплодотворением ИО, и тестировать сразу несколько микролиний по 3 генерации каждая, в одинаковых условиях (сила семьи, медосбор, улей и т.д.)

 

что хочу увидеть 

насколько стабильно передаються я ПХС (полезных хозяйственные свойства) 

тоесть дочка принесла меда на 10% больше/маньше, внучка на 15% больше/маньше и т.д.
потом посмотреть кто был продуктивнее на пасеке, и насколько это больше или меньше по породе в целом. 

Данные в процентах, только пока не понимаю что взять лучше за 100% средний показатель по тестируемым семьям на одном токе или самый низкий.

3) Быть демократичными в подходе по тестированию, к примеру если матковод не вел записи по расплоду, злобливости, усидчивости а только по меду (есть данные сколько откачано товарного и сколько осталось в гнезде) тогда просто выводить показатели (перерасчет в процентах)  только по меду остальные оставлять пустыми.

Если есть данные по расплоду за сезон интересно вывести их  в график за сезон чтобы увидеть силу семьи в разное время. 

 4) Поиск пары по параметрам  

2 таблицы 

№1 вводим код матки которой подбираем пару

№2 :  можно выбрать один или несколько параметров

- порода пчел

- коды стран
- область
- селекционер
- № селекционной книги :
- год рождения

- поиск в микролинии, вписать матку родоначальницу 

Данные которые увидим на выходе 

1) процент инбридинга кросса

2) данные бабушки трутня, проценты ПХС по тестовой группе и по породе в целом

3) прогноз по кросу, если это возможно